Ressources

Compétences et définitions


Les compétences du SSM concernent la Phylogénie moléculaire (supra ou péri spécifique) et la Génétique des Populations (échelle infra-spécifique).

Ces domaines de compétence s’étendent au programme international Barcode of Life et à la Biologie de la Conservation.

Un pôle est également consacré à la Cytogénétique.

  • Phylogénie moléculaire : cette discipline a pour objectif de reconstruire l’histoire évolutive des espèces par comparaison des séquences de leurs gènes (ou de leurs protéines).

  • Génétique des populations : cette discipline a pour objectif d’étudier les fréquences alléliques dans les populations naturelles. Les changements de fréquence des allèles sont un aspect majeur de l'évolution, la fixation de certains allèles conduit à une modification génétique de la population, et l'accumulation de tels changements dans différentes populations peut conduire au processus de spéciation.

  • Barcode : le projet international Barcode of Life a été lancé en 2003 et a pour but de référencer l’ensemble des espèces vivantes sur la planète par une séquence d’ADN « barcode ». La variabilité d’une séquence d’ADN est alors utilisée comme les codes barres du commerce pour attribuer un spécimen à une espèce ou encore attribuer une forme juvénile et une forme adulte à une même espèce. Ce programme a de fortes implications en expertise taxonomique.

  • Biologie de la conservation : cette discipline traite des questions de perte, maintien ou restauration de la biodiversité.

  • Cytogénétique : discipline qui étudie les chromosomes à l’aide de techniques cytologiques.

PCR est l'acronyme anglais de "Polymerase Chain Reaction", réaction de polymérisation en chaîne. C'est une technique d'amplification enzymatique (par la Taq polymérase) qui permet, à partir d'un fragment d'ADN, d'obtenir un grand nombre de copies identiques de ce même fragment.

L’utilisation de marqueurs moléculaires en systématique et en biologie évolutive s’est généralisée, en particulier depuis l’invention de la PCR. L’analyse « moléculaire » (utilisation de séquences d’ADN de gènes codants ou non, nucléaire ou mitochondrial et chloroplastiques, de marqueurs microsatellites) permet de répondre aux questions de biogéographie, de phylogénie et classification des espèces, de taxonomie et de délimitation des taxons, d’étude des processus de l’évolution ou des questions de biologie de la conservation (biologie et génétique des populations). L’utilisation des microsatellites permet d’élucider les relations de parentés entre individus ou identifier les immigrants dans une population dans des problématiques d’écologie et de biologie de la conservation pour le suivi des espèces invasives.

Le SSM est équipé d’un séquenceur ABI 3130 (4 capillaires) qui sert à l’analyse des microsatellites et à la mise au point de nouveaux marqueurs moléculaires.

Séquence d'ADN : chromatogramme

 

Microsatellites d'ADN : chromatogramme

 

 

Fonctionnement de la plateforme moléculaire

Inscription en ligne pour les extractions

Attention, identifiant et mot de passe obtenus auprès du SSM sont indispensables pour l'accès au formulaire d'inscription pour les extractions.
Pour vous inscrire, veuillez vous identifier à partir de la page : http://docs.google.com

Inscription sur site pour les PCRs

Responsable pour le séquençage Sanger : Céline Bonillo
E-mail : celine.bonillo(a)mnhn.fr

Responsables pour le séquenceur ABI (analyses de fragments) : Delphine Gey, Josie Lambourdière
E-mail : delphine.gey(a)mnhn.fr, josie.lambourdiere(a)mnhn.fr

Responsables du Personal Genome Machine (PGM) : Régis Debruyne
E-mail : regis.debruyne(a)mnhn.fr

Vous avez des questions sur la technologie ion-torrent ou sur la mise en œuvre de la plateforme PGM au sein du Service de Systematique Moléculaire ? Merci d'adresser vos messages directement à la liste de diffusion créée à cet endroit : ion-torrent(a)googlegroups.com (modérateur : regis.debruyne(a)mnhn.fr)

 

Galeries des matériels


Extraction :

 

Pré-PCR :

Box ADN ancien et 3 hottes à flux vertical et UV

© UMS 2700

 

Clonage :

 

Post-PCR :

Visualisation des gels d'UV e-box

© UMS 2700

 

Séquenceurs :

ABI 3130

© UMS 2700